Nhà Timur tại Herat

• Husayn Bayqarah (tại vị:1469–1470, phục vị:1470-1506)

Năm 1470, Uzun Hasan của Ak Koyunlu ra mặt ủng hộ Yadgar Muhammad Mirza trong việc phản đối Husayn Bayqarah vì vị vua này đã lợi dụng cái chết của quốc vương Abu Sa'id Mirza để thừa cơ xâm nhập, ông ta lập tức đem quân tấn công Khurasan.[61] Ban đầu, Husayn Bayqarah đã đánh bại Yadgar Muhammad Mirza trong trận Chenaran, nhưng sau đó Uzun Hasan đã gửi quân tiếp viện kịp thời tiếp tục tiến vào Khurasan, Husayn Bayqarah không thể chống cự nổi thế mạnh của địch buộc phải chạy trốn, kinh đô Herat bị quân của Uzun Hasan chiếm đóng, Yadgar Muhammad Mirza tự lập làm vua.[62] Tuy nhiên, chỉ sáu tuần sau, Husayn Bayqarah đã hô hào binh lực khắp trong nước tái chiếm thành phố, sau khi tăng cường một lực lượng mới đã đánh bại các con trai của cựu vương Abu Sa'id Mirza đang cố gắng tiến vào Khurasan giúp đỡ Yadgar Muhammad Mirza, ông bắt Yadgar Muhammad Mirza đem ra hành quyết.[63]

Nhà Timur tại Fergana

• Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad (tại vị:1494-1497, phục vị:1498-1500)

Năm 1497, quân chủ nhà Timur tại Fergana là Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad bị đánh bại bởi những cuộc nổi loạn của những người họ hàng, mầm mống cuộc biến động khởi điểm ngay từ lúc ông lên ngôi năm 1494 khi mới 12 tuổi.[64] Ông thực hiện việc đánh chiếm Samarkand làm cơ sở để mưu tính phục hồi cơ nghiệp tại Fergana, nhưng năm 1498, khi ông khôi phục được Fergana thì lại để mất Samarkand không lâu sau đó.[65]

Nhà Timur tại Samarkand

• Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad (tại vị:1497-1498, phục vị:1500-1501, tái phục vị:1511-1512)

Năm 1498, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad cai trị Samarkand chưa được bao lâu đã bị thất bại trong nỗ lực tái chiếm Fergana.[66] Năm 1500, khi cố gắng tái chiếm Samarkand vừa thành công, ông lại đánh mất Fergana.[67] Năm 1501, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad lại thất thủ Samarkand một lần nữa, lần này ông thất bại nhanh chóng bởi đối thủ đáng gờm nhất, Muhammad Shaybani, Khan của Uzbeks.[68] Năm 1504, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad chiếm được Kabul, vùng đất này vốn đang nằm trong sự sở hữu của một đứa bé sơ sinh, hậu duệ của Ulugh Begh.[69] Ông kết bang giao với vua Ismail I của nhà Safavid và chiếm lại khu vực Trung Á, bao gồm cả Samarkand vào năm 1511.[70] Tuy nhiên, đến năm 1512, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad lại đánh mất nó cùng với các vùng đất khác mới chiếm được vào tay người Uzbek.[71]

Nhà Timur tại Kabul và Đế quốc Mogul

• Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad (tại vị:1504-1506, phục vị:1510-1511, tái phục vị:1514-1530)

Năm 1506, sau hai năm trị vì Kabul, một cuộc nổi dậy giữa một số tướng lãnh đạo của Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad đã đẩy ông ra khỏi nơi đây.[72] Năm 1510, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad trở lại Kabul, thống trị nơi này một lần nữa và lấy lại lòng trung thành của phiến quân.[73] Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad và Shah Ismail đã thành lập một quan hệ đối tác trong nỗ lực chiếm lấy các phần của Trung Á, để đáp lại sự giúp đỡ của Shah Ismail, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad cho phép Safavids hành động như một kẻ bá đạo đối với ông và những người theo ông.[74] Do đó, vào năm 1511, sau khi rời anh trai Nasir Mirza cai trị Kabul, ông đã tìm cách chiếm Samarkand lần thứ ba, ông cũng lấy Bokhara nhưng lại thua cả Uzbeks vào năm 1512.[75] Năm 1514, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad lần thứ ba trở về Kabul, những năm sau đó, sự cai trị của ông chủ yếu liên quan đến việc đối phó với các cuộc nổi loạn tương đối quan trọng từ các bộ lạc Afghanistan, quý tộc và người thân của ông, ngoài việc tiến hành các cuộc đột kích trên các ngọn núi phía đông.[76] Sau nhiều lượt tranh giành quyền lực ở Ba Tư đều thất thế, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad chuyển sự chú ý để tạo ra đế chế của mình tại phía bắc Ấn Độ.[77] Vào lúc này, khu vực đồng bằng Ấn-Hằng ở phía bắc của tiểu lục địa Ấn Độ đang nằm dưới sự cai trị của Ibrahim Lodi thuộc vương triều Lodi người Afghan, trong khi khu vực Rajputana nằm dưới sự kiểm soát của Liên minh Rajput theo Ấn giáo, với Minh chủ là Rana Sanga của Mewar.[78] Năm 1524, Daulat Khan Lodi, một thành viên của triều đại Lodhi, vì muốn tạo phản nên đã cho mời Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad đến để lật đổ Ibrahim và trở thành vua.[79] Qua mấy phen giao chiến, Ẓahīr-ud-Dīn Muhammad đánh bại Ibrahim Lodi trong trận Panipat lần thứ nhất vào năm 1526 và thành lập đế quốc Mogul, ông đổi đế hiệu là Babur.[80] Tuy nhiên, Babur ngay lập tức phải đối mặt với sự chống đối, lần này là từ Rana Sanga của Mewar, người coi Babur là một kẻ ngoại tộc, Rana đã bị Babur đánh bại trong trận Khanwa, ngôi vị nhờ vậy được củng cố vững chắc.[81]